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1952年全国院校调整时，东吴大学文理学院与苏南文化教育学院、江南大学数理系合并为苏南师范学院，同年定名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学。

1982年，经国务院批准，学校更名为苏州大学。

1995年苏州蚕桑专科学校、1997年苏州丝绸工学院、2000年苏州医学院并入。

2012年南京铁道职业技术学院苏州校区并入。

2016年，国家国防科技工业局与江苏省人民政府共建苏州大学。

东吴大学

东吴大学的渊源可以追溯到监理会在苏州和上海开办的几所学校。

1871年，美国基督教监理会（监理会于1939年与美以美会合并改名为卫理公会）在苏州十全街设立存养书院。

1879年迁至天赐庄，并改名博习书院（The Buffington Institute）。后并入上海中西书院（the Anglo-Chinese College，1882年创办）。

1899年，监理会决定在苏州开办一所大学。

1900年12月，该校董事会在上海组成，孙乐文被选举为新大学的首任校长。

1901年3月，宫巷中西书院迁入天赐庄博习书院旧址，东吴大学堂正式开学，成为美国基督教在中国建立的早期教会大学之一。开办之初，只设中学班，学生不足百人。是年6月24日，在美国田纳西州以“Central University in China”名称注册。

1905年，开始招收12名大学生。该校西学课程大体仿效美国大学，国学则自作安排，分设有文理，医和神学三科和附中数所（分别位于苏州、上海和湖州）。

辛亥革命之后，改称东吴大学。

苏州医学院

1911年，清末状元、著名实业家、教育家张謇创办了通州医院。

1912年3月，张謇与其兄张詧创办通州医院附属医科学校，4月通州废州立县，通州医院改称南通医院，学校随之改称南通医院附设医科学校。是年夏，学校更名为私立南通医学专门学校，张謇、张詧出任校长。学校起初无校舍，借南通庙宇招生授课。张謇派熊省之去日本千叶医学专门学校学习，熊省之获学士学位即回国协助张謇、张詧创办南通医学专门学校，设西医科，学制为预科1年、本科4年，校名和教学内容等基本仿效日本。创校初期，张謇请熊省之担任学校第一主任兼南通医院院长，并聘请从日本留学回国的李希贤（毕业于千叶医学专门学校）、赵铸（毕业于长崎医学专门学校）任教师兼医师。8月，张謇、张詧出资13700余元，将南通城南古庙昭武院改建为校舍。

1913年4月，建成房屋73间，回廊雨道37间。同年，张謇兄弟又出资16400余元，在学校附近购地11.7亩，扩建南通医院，供学生实习。

1914年6月，医院建成，张謇题写院名”南通医院“，后改称”附属医院“。12月，张謇题写校训：“祈通中西，以宏慈善”。

1916年1月16日，学校举行首届本科毕业典礼，张謇到会致训词，勉励学生“存不欺心”。

1917年，增设中医科，学制为预科1年、本科4年。张謇主张学生先学中医数年，然后再学西医，规定中医科学生毕业后再学西医科者免缴学费。

1918年7月，张謇出钱向德国购买X光机、手术器械、化学仪器等大小数百件，充实学校和医院。

1919年，张謇选派10多名成绩优异的学生去日本三井医院、顺天堂医院、上井医院进行毕业实习。之后又派教师和学生去日本东京帝国大学、大阪医大、神户医大等高等学校参观访问。

1920年，聘请德国医学博士夏德门任医院总医长兼教员。

1927年，南通医学专门学校更名为私立南通医科大学，医院更名为南通医科大学附属医院。自1912年至1926年张謇逝世，私立南通医学专门学校毕业的西医本科生共168名，中、西医兼修本科生共37名。

1928年8月，私立南通医科大学、私立南通纺织大学和私立南通农科大学合并组建私立南通大学，张孝若为首任校长。李希文、王志鸿、张谊分任医、农、纺织三科科长，医院更名为南通大学医科附属医院。

1930年11月，因民国《大学组织法》中尚无纺织学院，私立南通大学改称为南通学院。

1937年8月，南通遭日本战机狂轰滥炸，南通学院被迫停课。其中医科、附属医院的人员、设备全部迁至扬州。

1938年2月，南通学院医科附属医院被国民政府军政部命名为第七重伤医院，并投入抗战前线，先后救治了600多名从上海等地送来的重伤病员。之后，第七重伤医院辗转来到湖南衡阳。8月，南通学院医科与江苏省立医政学院合并，组建国立江苏医学院。12月，江苏医学院迁到贵州贵阳借当地校舍办学。

1939年，学校迁至重庆北碚，并成立了附属医院，由于当时重庆常受到日本飞机轰炸，学校组建了多支空袭救护队和流动医疗队。

1945年，抗日战争胜利，国立江苏医学院准备迁至镇江，私立南通学院报告要求在原址恢复医科，国民政府教育部很快批准了此报告，于是，远在重庆的原医科的师生们从重庆码头登船，一路顺流而下回到南通。为了办好医科，南通学院时任常务校董张敬礼（张詧之子）特从大生纱厂拿出16亿法币，买下当时的江北医院，用于充实医科、重建附属医院。

1946年，医科正式恢复并招收新生。

1952年，全国院系调整，南通学院医科在南通学院原址改名为苏北医学院。

1956年，因苏北区党委建制合并，又改名为南通医学院。

1957年，南通医学院大部迁至苏州，更名为苏州医学院，并在南通留设苏州医学院南通分院。

1958年，苏州医学院南通分院更名为南通医学院。

1962年，苏州医学院经国务院批准，划归第二机械工业部（后改为核工业部、核工业总公司）。

1992年11月，苏州医学院、南通医学院相继举办八十年校庆，两校元老、教授互访致贺。医学专家顾尔钥曾为此赋诗为证：“夹岸弦歌源一家，育才除疾绩堪夸；春秋八十同声颂，江北江南姐妹花”。

2000年4月，苏州医学院并入苏州大学，继而成为了苏州大学医学部。